『Project MIKHAIL』は大きく分けて３つのモードをプレイすることができます。

戦術機でミッションに出撃し、BETAとバトル。

倒したBETAから機体パーツや素材アイテムを収集。

集めたパーツを装備、または新たにパーツを製造・改造して戦術機を強化。

強化した戦術機で新たなミッションに挑戦。

これが基本的な遊び方です。そして『Project MIKHAIL』には

ストーリーモード、フロンティアモード、対戦モードの３つのゲームモードがあります。

マブラヴ オルタネイティヴの物語を追体験できる１人用のゲームモードです。

ミッションをクリアする毎に新たなミッションが出現し、ストーリーが展開していきます。

時にはミッションが分岐することも。

選択したミッション次第で結末が一部変化します。

フロンティアモードは一定期間、プレイヤー全員でBETAの侵攻を食い止めるため協力し合うモードです。

ゲーム内時間の進行に応じてBETAが侵攻し、リアルタイムでマップの状況が変化していきます。

ミッションの達成度は全プレイヤーで共有され、BETAの侵攻具合でシナリオのルートが変化します。